职称：研究员
研究方向： 哺乳动物中蛋白质核糖体移码的功能和调控、ASO 的设计原理和药效测试
Email：ykdang@ynu.edu.cn
博士，研究员。2010年于加拿大英属哥伦比亚大学获博士学位，2010-2017年于德克萨斯大学西南医学中心从事博士后研究。主持3项国家自然科学基金和多项省级基金，以通讯/第一作者在Molecular Cell、Nature Structural & Molecular Biology、Genes & Development、Nucleic Acid Research、PNAS、eLife等主流杂志发表论文多篇，引用2000余次，其中近五年以来被引 用>1300次，h指数15，i10指数19。
英属哥伦比亚大学（加拿大温哥华） 哲学博士 （导师：Beverley R. Green 教授）
中国农业大学（中国北京） 理学硕士
中国农业大学（中国北京） 理学学士
ASO（反义寡核苷酸）的设计原理及其药效测试是当前基因治疗领域的重要研究方向。作为思合基因（北京）生物技术有限公司的联合创始人，我负责生物部门的平台建设，致力于推动 ASO 的药物设计开发。
我们设计并建立了一个高效的 ASO 序列筛选平台（ClinASO），该平台能够快速预测出具有良好切割效果的 ASO 序列。通过这一平台， 我们已经筛选出多个针对代谢性脂肪肝炎（MASH）和肥胖症的临床前候选化合物，并显示出良好的治疗效果。
此外，我们还发明了一种新颖的方法，能够对 ASO 进行评估和序列重设计。这一方法不仅可以有效评估 ASO 在不同人群中的疗效，还能够通过序列重设计实现减毒效果，从而提高ASO 的安全性和有效性。这些研究成果为 ASO 的临床应用提供了重要的理论基础和实践支持。
基因表达调控是指细胞通过各种机制控制基因的转录和翻译过程，从而调节蛋白质的合成和功能。对生物的生长、发育、适应和健康至关重要。本课题组以密码子使用偏好为主题研究其在基因表达调控各个层面的作用。近年来，主要聚焦于一类特殊的与密码子使用偏好相关的核糖体移码。
核糖体移码指翻译延伸过程中，核糖体在某些因素促进下从原定的编码框滑入+1 或-1 框的过程。核糖体移码在 RNA 病毒中广泛存在，其产物（移框蛋白） 对于病毒的繁殖必不可少。然后，核糖体移码在哺乳动物中一直被认为是极为罕见的现象。我们近年来的研究揭示了一类新型发生在密码子重复上的程序性核糖体移码，其不仅广泛存在于人体各个组织，且能够产生全新功能的移框蛋白。这一发现不仅挑战了传统的遗传编码观念，还为探索蛋白质多样性及其在疾病中的作用提供了新的视角。
此外，我们最新的研究发现，非优势密码子可介导一种随机但高频的核糖体移码，通过被下游的隐藏终止密码子迅速终止引起 mRNA 降解。这一机制在真菌到人类的进化过程中均表现出显著的保守性。这一发现揭示了隐藏终止密码子是遗传密码的新型层面，强调了在基因表达调控中的复杂性和多样性，不仅具有深远的生物学意义，且在 mRNA 疫苗设计、合成生物学等方面表现出潜在的应用价值。
1. Zhanbiao Li†, Xiaoqian Gu†, Shiming Gong†, Zeyu Wang†, Qin Bian†, Ziqing Wang, Shunkai Chen, Zhenjing Chen, Yingshui Zhou, Guiping Ren, Fan Lai, Zhipeng Zhou*, Yunkun Dang*, Hidden stop codons dictate mRNA fate by ambushing ribosomal frameshifting. (已返修 Molecular Cell) (通讯作者）
2. Xiuwen Li† , Zhanbiao Li † , Yingshui Zhou† , Shimin Gong, Zhenjing Chen, Jingyang Li, Miaomiao Guo, Xiaoqian Gu, Fei Li, Jiayu Wei, Tao Zhong, Tong Yin, Tianran Li, Fan Lai* , Yunkun Dang* , Guiping Ren*, RNA G-quadruplex promotes codon repeat- associated ribosomal frameshifting in human gene (接收，Nucleic Acids Research) (通讯作者）
3. Ren G#, Gu X#, Zhang L#, Gong S, Song S, Chen S, Chen Z, Wang X, Li Z, Zhou Y, Li L, Yang J, Lai F*, Dang Y*, Ribosomal frameshifting at normal codon repeats recodes functional chimeric proteins in human. Nucleic Acids Research (2024), 52(5):2463-2479. (通讯作者）
4. Yang J#, Li J#, Miao L, Gao X, Sun W, Linghu S, Ren G, Peng B, Chen S, Liu Z, Wang B, Dong A, Huang D, Yuan J, Dang Y*, Lai F* Transcription directionality is licensed by Integrator at active human promoters. Nature Structural & Molecular Biology (2024), 31, 1208–1221（通讯作者）
5. Chengcheng Zhang, Yuan Tian, Shuang Song, Lu Zhang, Yunkun Dang*, and Qun He*, H3K56 deacetylation and H2A.Z deposition are required for aberrant heterochromatin spreading ，Nucleic Acids Research (2022) 50(7): 3852–3866. （通讯作者）
6. Fangzhou Zhao, Zhipeng Zhou, Yunkun Dang, Hyunsoo Na, Catherine Adam, Anna Lipzen, Vivian Ng, Igor V Grigoriev , Yi Liu.
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7. Xueliang Lyu, Qian Yang, Lin Li, Yunkun Dang, Zhipeng Zhou, She Chen, Yi Liu ， Adaptation of codon usage to tRNA I34 modification controls translation kinetics and proteome landscape ，PLoS Genetics (2020) Jun 1;16(6):e1008836.
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9. 任桂萍, 董璎莹, 党云琨. 密码子中的密码: 密码子偏好性与基因表达的精细调控. 中国科学: 生命科学, (2019) 49: 1—9 （通讯作者）
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15. Chien-hung Yu#, Yunkun Dang#, Zhipeng Zhou#, Cheng Wu, Fangzhou Zhao, Matthew S. Sashs, Yi Liu. Codon Usage Influences the Local Rate of Translation Elongation to Regulate Co-translational Protein Folding. Molecular Cell (2015) 59:744-54（封面文章， Trend Biochem Sci (2015) 40:717-8 专评）
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24. Wu J, Meng F, Ran D, Song Y, Dang Y, Lai F, Yang L, Deng M, Song Y, Zhu J. The Metabolism and Immune Environment in Diffuse Large B-Cell Lymphoma. Metabolites (2023) 13(6):734
1. 国家自然科学基金委员会, 面上项目, 32470609,密码子偏好性介导核糖体移码调控 mRNA 稳定性的分子机理研究, 2025-01-01 至 2028-12-31, 50 万元, 在研, 主持
2. 国家自然科学基金委员会, 面上项目, 32171262, 密码子重复介导程序性核糖体移码的机制和功能研究, 2022-01-01 至 2025-12-31, 64 万元, 在研, 主持
3. 国家自然科学基金委员会, 面上项目, 31871254, 粗糙脉孢菌中转录共抑制因子 RCO-1 调控DNA 甲基化 的机制研究, 2019-01-01 至 2022-12-31, 60 万元, 结题, 主持
4. 云南省科技厅, 云南大学“双一流 ”联合项目-重点项目, 202401BF070001-013, 新型核糖体移码 CRFS 的调控机理及在肝癌发生中的功能, 2024-09 至 2027-08, 50 万元, 在研, 主持
5. 云南省科技厅, 云南大学“双一流 ”联合项目-重点项目, 2019FY003020, 人类精氨酸和酪氨酸密码子偏好性对基因表达的调控机理研究, 2019-09 至 2021-08, 65 万元, 结题, 主持
